Nato nel 1538 nella Rocca dei Borromeo, sul Lago Maggiore, Carlo era il secondogenito del Conte Giberto. Come si usava nelle famiglie nobiliari fu tonsurato a 12 anni. Studente brillante a Pavia, venne chiamato a Roma, dove fu creato cardinale a 22 anni e fondò unAccademia detta delle «Notti Vaticane». Inviato al Concilio di Trento, nel 1563 fu consacrato vescovo e destinato alla Cattedra di santAmbrogio di Milano, una diocesi vastissima che si estendeva su terre lombarde, venete, genovesi e svizzere. Territorio che il giovane vescovo visitò in ogni angolo, preoccupato della formazione del clero e delle condizioni dei fedeli.
Fondò seminari, ospedali e ospizi, utilizzando le ricchezze di famiglia a favore dei poveri. Impose ordine allinterno delle strutture ecclesiastiche, difendendole dalle ingerenze dei potenti locali, per questo fu obiettivo di un fallito attentato.
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