La Cripta della cattedrale di Anagni, dedicata al patrono San Magno, è una delle più belle d'Italia e una tra le più rare d'Europa. Fu costruita contemporaneamente alla Chiesa superiore. Definita «la Cappella Sistina del Medioevo» il suo pregio sta nell'armonia di un mirabile intreccio di archi romanici, nel pavimento cosmatesco completamente originale e negli affreschi che coprono una superficie di 540 m² di affreschi. È opera di artisti ignoti (forse tre monaci benedettini). Vi si trovano scene dell'Antico e Nuovo Testamento con cicli tratti dall'«Apocalisse», dalla storia dell'Arca dell'Alleanza e un raro ciclo scientifico sulla creazione del mondo e dell'uomo, dei miracoli attribuiti a San Magno e le agiografie dei santi sepolti negli altari.
In mancanza di migliori informazioni gli artisti sono individuati semplicemente come Primo maestro (o Maestro delle Traslazioni); Secondo maestro (o Maestro Ornatista) e Terzo maestro (o maestro di Anagni). Nella Cripta riposano i corpi di San Magno, SS. Aurelia e Noemisia, San Secondina, SantOliva e reliquie di San Sebastiano, San Cesareo e altri martiri- dal lunedì al venerdì dalle ore 10:00 alle ore 20:00
- sabato, domenica e festivi dalle ore 10:00 alle ore 18:00.