Nacque ad Arezzo nel 1296 e già da adolescente si fece monaco benedettino nelleremitaggio detto il Paradisino a Vallombrosa. Qui visse in una cella, dedicandosi allo studio e alla preghiera. Con gli anni crebbe nella stima dei contemporanei come religioso santo e dotto, tanto che nel 1346 venne eletto ventiquattresimo abate generale della congregazione vallombrosana. In tale veste il Flammini visitò molte volte le abbazie dipendenti dalla casa-madre di Vallombrosa, correggendo le regole o scrivendone di nuove per quelle case di recente fondazione che ne erano prive.
NellArchivio di Stato a Firenze si conserva ancora un suo Liber Ordinationum pro reformatione Religionis Vallombrosanae. Un altro suo manoscritto, il Liber confessionum, si trova nellarchivio abbaziale di Vallombrosa. Il Flammini governò la sua congregazione per ventiquattro anni, morendo in carica nel 1370. Nel 1604 le sue reliquie vennero riesumate con quelle degli altri nove Beati della congregazione e collocate nellaltare della chiesa dellabbazia.
Il cranio di Michele Flammini si trova dal 1688 nella cattedrale di Arezzo, sua città natale.
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