L'Isis ha un obiettivo chiaro: resistere nel tempo anche se dovessero scomparire gli attuali vertici. Così l'organizzazione è struttarata in modo orizzontale per poter rigenerarsi qualora qualcuno dei leader dovesse restare vittima di un azione di guerra. Lo Spiegel ha provato a ricostruire una gerarchia dello Stato Islamico. Al vertice del Califfato c'è il Califfo Abu Bakr Al Baghdadi.
Secondo alcune indiscrezioni il numero uno dell'Isis sarebbe rimasto ferito gravemente in un'operazione a Mosul. Ma a dare continuità all'Isis c'è una seconda fascia di "dirigenti" che portegge il capo. I luogotenneti sono Abu Alaa Al Afri, indicato come successore di Al Baghdadi, potrebbe essere già morto. A seguire c'è Abdullah Alani, ex qaedista e veterano dell'Isis. Al numero 4 c'è invece Younis Al Mashdani, esponente religioso. A loro volta i luogotenenti sono protetti dai colaboratori come Abu Talha Al Libi e Abu Miqdad Al Yemeni. Ma il numero uno, Al Baghdadi ha una scorta composta da Badr Al Shaalan, Turki Al Benali, Osman Al Nazeh. Infine a chiudere il cerchio c'è Abu Mohamed Al Adnani. Sotto i vertici ci sono i capi militari come l'ex generale bathista, Abu Ali Al Anbari e l'ex soldato giordano Abuo Omar Al Shishani. Il reclutamento dei kamikaza spetta a Tareq Al Harzi, mentre il comando di Aleppo è guidato da Abu Ather Al Absi. Poi a seguire tra i vertici militari ci sono Abu Wahib e Abu Suleiman Al Naser. Sotto i vertici militari ci sono nove di partimenti che si occupano di propaganda, finanziamenti, giustizia, armi, intelligence e religione. Infine per quanto riguarda le decisioni, l'indirizzo generale viene dato dal Consiglio dopo l'ok del Califfo. Poi spetta ai dipartimenti la fase operativa.