Gli attivisti della Flotilla hanno denunciato di essere stati vessati, e di aver finanche subito violenza, durante la detenzione in Israele. Soprattutto Greta Thunberg si è lamentata delle condizioni di detenzione subite dopo l'arresto e prima dell'espulsione dal Paese. Ha aggiunto nuovi dettagli a quelli che già aveva raccontato lei,e chi per lei quando era ancora in Israele, aggiungendo elementi sempre più gravi circa il comportamento dei soldati israeliani. Il ministero degli Esteri svedese ha annunciato un'indagine in merito ma ha anche sollevato qualche dubbio sull'ultima versione fornita.
Al quotidiano svedese Aftonbladet, Thunberg ha raccontato di essere stata malmenata, anche con calci, di essere stata chiamata "puttana" e che non le veniva fornita acqua potabile pulita durante la detenzione, quando anche i viveri pare che scarseggiassero. Aggiunge anche di essere stata chiusa in una gabbia con altri 60 detenuti in un ambiente estremamente caldo, dove le temperature raggiungevano i 40 gradi approssimativi. "Quando le persone svenivano, battevamo sulle sbarre e chiedevamo un medico. Allora le guardie si avvicinavano e dicevano: 'Vi gasseremo'", ha detto ancora l'attivista svedese. E ancora, ha detto di essere stata legata a una bandiera israeliana e trascinata e quando questa sventolava pare che i soldati le dicessero di "non toccare la bandiera", prendendola a calci nel fianco. Una versione che non collima con quella sull'obbligo di baciare la bandiera di Israele.
Sono parole molto forti quelle riportate da Thunberg al quotidiano svedese, che hanno ovviamente attirato l'attenzione del ministero degli Affari Esteri del suo Paese. Svante Liljegren, consigliere ministeriale, è intervenuto sulla tv di servizio pubblico svedese Svt rispondendo alle accuse dell'attivista, secondo la quale il personale dell'ambasciata svedese "non ha fatto nulla se non dire: 'Il nostro lavoro è ascoltarvi. Siamo qui e avete diritto al supporto consolare'". Liljegren ha sottolineato il ministero e l'ambasciata "non hanno alcun interesse a edulcorare o a nascondere alcuna informazione" ma ha anche aggiunto, come riporta Svt, che "gli svedesi non avrebbero raccontato al personale che li ha visitati in prigione di essere stati picchiati".
In ogni caso, il Ministero sta indagando per capire cosa sia successo con esattezza, anche con la collaborazione di altri Paesi e dello stesso Israele. Svt ha cercato di contattare Thunberg che, però, non avrebbe replicato.