Poche ore dopo lo scontro fra il Cessna Citation con a bordo due piloti tedeschi e laereo di linea della compagnia Sas, il pm Celestina Gravina apre uninchiesta per omicidio colposo plurimo e disastro aereo colposo. Gli indagati sono 19, otto escono prima che inizino i procedimenti, fra loro lex presidente della Sea, Giorgio Fossa e il supervisore in torre quella mattina, Usai. Lindagine dura un anno e mezzo, al termine il pm chiede il rinvio a giudizio per undici persone, sono tutti dirigenti dei due massimi enti nazionali, Enac e Enav, oltre a dipendenti Sea e a un controllore di volo. Il processo inizia nel marzo 2003. L8 marzo il pm termina la requisitoria chiedendo la condanna a 3 anni e 10 mesi per il controllore di volo Zaccheti, 8 anni per Gualano, Fusco e Federico, rispettivamente ex amministratore delegato Enav, direttore Enav dellaeroporto e responsabile Enac di Milano.
Il processo di primo grado si chiude con queste sentenze: 8 anni a Zacchetti e Fusco, 6 anni e mezzo per Gualano e Federico. Sette altri imputati hanno chiesto il rito abbreviato: Marzocca, Ciarniello, Gasparrini, Patrizi, Cavanna, Grechi e Perrone, tutti dipendenti Enav e Sea.