Nei prossimi anni è previsto il completamento di molte nuove infrastrutture (Passante, Milano-Treviglio, Milano-Lecco, rete AC) e lestensione delle Linee S (Lodi, Pavia, Carnate, Besana) determinerà la possibilità di un forte incremento del servizio (fino al 30%). Il servizio sarà riorganizzato su più livelli incentrati sul servizio suburbano di Milano (linee S) e su servizi regionali espressi (linee R), oltre ad altri collegamenti interpolo. Il Servizio ferroviario suburbano, avviato nel dicembre 2004, prevede lattivazione di 12 linee con treni S cadenzati ogni 30 minuti per servire le località entro un raggio di 30 chilometri intorno a Milano. Attualmente ne sono attive 8.
Entro il 2008-9 verranno attivate tutte le 12 linee. Chi arriva da più lontano potrà invece usufruire dei nuovi servizi regionali espressi (treni Regio Express - RExp).
In Lombardia ogni giorno circolano 1.770 treni su 36 direttrici, percorrendo 32 milioni di km lanno (il 13% del totale in Italia) e trasportando oltre 500mila viaggiatori al giorno tra le 409 stazioni.
Dal 2001 la Regione ha la responsabilità di programmare i servizi ferroviari sul proprio territorio ovvero i treni suburbani, regionali e diretti (oltre ad alcuni interregionali) sulla rete Fs e Ferrovie Nord. Trenitalia, Tilo e Le Nord erogano i servizi e sono direttamente responsabili del funzionamento del servizio e della vendita di biglietti e abbonamenti.
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